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Prueba LAB 1
DotsPlot可视化marker基因
点图的构成
x 轴:
通常表示不同的细胞群(clusters)或样本(samples)。
每个柱子代表一个细胞群。
y 轴:
表示基因名称。
每个点代表一个基因在一个细胞群中的表达情况。
点的大小:
表示基因在某个细胞群中表达的细胞比例(表达频率)。
点越大,表示该基因在该细胞群中表达的细胞比例越高。
点的颜色:
表示基因在某个细胞群中的平均表达量。
颜色越深(通常为红色),表示平均表达量越高;颜色越浅(通常为蓝色),表示平均表达量越低。
表达频率(点的大小):
点的大小反映了基因在某个细胞群中表达的细胞比例。
例如,如果一个基因在某个细胞群中的点很大,说明该基因在该细胞群中广泛表达。
平均表达量(点的颜色):
点的颜色反映了基因在某个细胞群中的平均表达水平。
例如,如果一个基因在某个细胞群中的点颜色很深(红色),说明该基因在该细胞群中高表达。
细胞群特异性:
如果一个基因在某个细胞群中的点既大又深,说明该基因在该细胞群中特异性高表达。
例如,CD3D 和 CD3E 在 T 细胞群中的点通常既大又深,表明它们是 T 细胞的特异性标记基因。
跨细胞群的比较:
通过比较不同细胞群中点的大小和颜色,可以了解基因在不同细胞群中的表达模式。
例如,MZB1 和 IGHG1 在浆细胞群中通常高表达,而在其他细胞群中表达较低。
VlnPlot可视化marker基因
小提琴图的构成
x 轴:
通常表示不同的细胞群(clusters)或样本(samples)。
每个小提琴代表一个细胞群。
y 轴:
表示基因的表达量(通常是 log 归一化后的表达量)。
小提琴的形状:
小提琴的宽度表示基因表达量的分布密度。
宽度越宽,表示该表达量范围内的细胞越多。
内部图形:
通常在小提琴内部会叠加一个箱线图(Box Plot),用于展示中位数、四分位数等统计信息。
如何解读小提琴图
表达水平:
小提琴的高度反映了基因在某个细胞群中的表达水平。
例如,如果一个基因在某个细胞群中的小提琴很高,说明该基因在该细胞群中高表达。
表达分布:
小提琴的宽度反映了基因表达量的分布情况。
例如,如果一个基因在某个细胞群中的小提琴很宽,说明该基因的表达量在该细胞群中分布较广。
细胞群特异性:
如果一个基因在某个细胞群中的小提琴既高又宽,说明该基因在该细胞群中特异性高表达。
例如,CD3D 和 CD3E 在 T 细胞群中的小提琴通常既高又宽,表明它们是 T 细胞的特异性标记基因。
跨细胞群的比较:
通过比较不同细胞群中小提琴的高度和宽度,可以了解基因在不同细胞群中的表达模式。
例如,MZB1 和 IGHG1 在浆细胞群中通常高表达,而在其他细胞群中表达较低。
Cyclistic bike-share analysis case study
The Cyclistic Bike-Share Analysis is a data-driven case study aimed at understanding user behavior and optimizing bike-sharing services. This study leverages historical trip data from Cyclistic, a fictional bike-share company, to uncover insights about different customer segments, usage patterns, and potential business strategies.