R Markdown adalah jenis khusus dari dokumen markdown. Markdown awalnya dibuat sebagai pengganti kode HTML yang digunakan pada situs website. Tujuannya adalah untuk menciptakan dokumen yang mudah dipahami oleh pembaca non-teknis, tetapi tetap dapat disajikan sebagai halaman website atau dokumen PDF. Beberapa format keluarannya yang populer adalah HTML, PDF, Microsoft Word, presentasi, aplikasi, situs website, dashboard, laporan, template, artikel, buku, dan lain-lain.